（三）抗战时期（1938~1945）
1937年底迁川后，本系1~2年级在汪德章、吴文安、熊德粼、濮成德带领下在重庆沙坪坝松林坡原重庆大学校址开学，借用巴县中学土地5亩建立奶牛场，3~4年级及专修科在陈之长、罗清生、许振英、夏定友带领下在成都，先借华西大学校舍，后借四川家畜保育所上课。1937年12月初，敌军逼近南京时，牧场工人不忍心看着这批良种牲畜落入敌手，他们在技师王酋亭的组织带领下，决心将这批来自欧美澳州的珍畜禽良种，以及学院教学必不可少的实验动物运出南京。他们将牲畜装上民船运过长江，由浦口、浦镇，过安徽，经河南边境，转入湖北，到宜昌后，水运到重庆。沿途交通阻滞，雇用不到运输工具，只有自行设法将鸡、鸭、兔类小动物装进笼子，驮在荷兰牛、澳州羊、美国猪的身上，犹如沙漠中的骆驼一样，有时一天只能走十几里。入冬后，大雪纷飞，天寒地冻，人、畜均已疲惫不堪，继续前行是不可能的了。在征得学校同意后，“队伍”便在河南商城休整过冬。待到第二年春暖花开时，牲畜队伍重登征程，到宜昌后，乘上学校准备好的船只驶向重庆，前后历时一年，于1938年11月下旬，到达沙坪坝。这批良种牲畜于四川安家后，在抗战最艰苦时期，不仅为教学实践发挥作用，还为师生提供营养丰富的新鲜乳汁。
1942年6月，与四川省农业改进所订立合作办法，利用华西坝五大学和成都农业改进所人才聚集之便，聘请郑集、徐丰彦、熊大仕、汤湘雨、朱先煌、卢润孚、杨兴业等讲授有关课程，陈之长、罗清生、许振英等也受聘为四川省农业改进所名誉技师和四川大学学院兼任教授，农院运去的牲畜，供双方研究之用。
1941年汤逸人、胡祥璧分别担任畜牧和兽医有关课程教授，盛彤笙担任家畜微生物学和家畜病理学教授，家畜病理学是首次开设的课程。1942年聘吴仲贤教授主讲家畜遗传育种学，熊大仁教授主讲家畜寄生虫学。1943年美国农部专员，俄勒岗大学草原学教授蒋森（R.G.Johnson）来华讲学，在本系开设草原管理学专题讲座，美国家畜育种专家费里朴（R.W.Phillips）来系作两次学术报告，1944年美国兽医专家童立夫（E.A.Tunnicliff）作兽医卫生和防疫的报告，并进行学术交流。
1944年农科研究所下设畜牧兽医学部，招收第一批研究生，由熊大仕教授任部主任，1946年改称畜牧兽医研究所。
1937年冬在沙坪坝开办奶牛场，与四川农业改进所合作，建立内江种猪场，在三台县设汉白猪繁殖场，推广荣昌猪。在成都时还与川农所合办家畜诊疗院，由罗清生主持，熊德粼亦参加门诊工作。每日下午均有门诊，经该院治疗者有7千多病畜，均有病案可查，还与四川省教育学院在磁器口开办家畜诊疗所。1942年还为边疆学校培养畜牧兽医专修科学生20多人。复校回南京前有畜牧教授3人，兽医教授5人，讲师2人，助教6人。
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